Le contrôle des pathologies virales est parmi les principales missions du CTA. Cette tâche est réalisée grâce aux analyses moléculaires par la PCR en temps réel permettant non seulement la recherche des virus chez les poissons mais aussi de déterminer la charge virale qui renseigne sur la gravité de l’infection virale et les mesures à prendre sur terrain après la détermination du seuil viral.