Ce laboratoire permet le suivi environnemental des sites aquacoles qui a pour but le contrôle régulier de tout type d’eau et sédiment ainsi il contribue à des missions d’autosurveillance des fermes aquacoles. Plusieurs analyses sont effectuée au niveau de ce laboratoire à savoir la mesure des paramètres physiques de l’eau (Salinité, pH, Température, oxygène dissous,..), la mesure des paramètres chimiques de l’eau (nitrates, nitrite, sulfate, ammonium, phosphate, Calcium, Magnésium…), la mesure des indicateurs de pollution chimique (DCO, DBO5, Matière en suspension…) la recherche des métaux lourds connus pour être dangereux pour l’écosystème marin  (Cadmium, Chrome, Cuivre, Fer, Nickel, Plomb, Zinc,…). L’évaluation de la qualité des sédiments se fait par mesure du taux de matières organique et de matières sèches, la granulométrie.